shinyApp(), runApp(), shinyAppDir(), et une quatrième option

• runApp() ne fonctionne pas sur les produits RStudio, mais c’est la seule façon pour Docker et les appels locaux d’accéder aux options passées à la fonction run_app().
• Aucun produit RStudio ne gère pas les options « locales » utilisées dans le run_app(), selon notre implémentation originale.
• {golem} possède aujourd’hui sa propre implémentation de lancement d’application, pour pouvoir marcher partout !

Il y a plusieurs façons de lancer une application Shiny App

1. runApp() (implémentation de départ de {golem}), qui est un wrapper autourshiny::runApp(system.file("app", package = "aaaaaaa")).
2. shinyApp(), qui est shiny::shinyApp(ui = app_ui(), server = app_server), la solution créée par l’ancienne version degolem::add_rstudioconnect_file() et friends.
3. shinyAppDir(), qui est shinyAppDir( system.file("app", package = "aaaaaaa") ) – une solution nécessaire pour Shiny server si vous voulez appeler le dossier app/ via {golem}.
4. La version actuelle avec {golem}.

Une implémentation naïve

run_app <- fonction(
  with = c("shinyApp", "runApp", "shinyAppDir")
) {
  avec <- match.arg(with)
  if (with == "shinyApp"){
    shiny::shinyApp(ui = app_ui(), server = app_server)
  } else if (with == "runApp") {
    shiny::runApp(system.file("app", package = "aaaaa"))
  } else if (with == "shinyAppDir") {
    shiny::shinyAppDir(system.file("app", package = "aaaaa"))
  }
)

Side node

You generally shouldn’t need to use these functions to create/run applications; they are intended for interoperability purposes. https://shiny.rstudio.com/reference/shiny/1.3.2/shinyApp.html

Loading aaaa
Error in shiny::runApp(system.file("app", package = "aaaa")) :
  Can't call `runApp()` from within `runApp()`. If your application code contains `runApp()`, please remove it.
Calls: runApp ... eval -> eval -> ..stacktraceon.. -> run_app -> <Anonymous>

Side note 2

Recherche de la meilleure implémentation

• Marcher sur le nombre maximum de services (local + Docker + RStudio), et ce avec un minimum d’ajustements (une implémentation pour les régler tous serait préférable).
• Pour pouvoir lire les options de l’environnement global, par exemple on peut utiliser la variable globale golem.app.prod depuis le serveur ou l’interface utilisateur.
• Pouvoir lire des options locales, passées à run_app().

Conditions de benchmark

• Nouveau golem avec la version précédent (0.0.1.700)

Contenu de la fonction app_ui:

app_ui <- fonction() {)
  tagList(
    fluidPage(
      h1 ("aaaaa"), 
      h3("options globales :"), 
      verbatimTextOutput("global"),
      h3("options de fonction :"), 
      verbatimTextOutput("shinycall")
    )
  )

Contenu de la fonction app_server :

app_server <- fonction(entrée, sortie,session) {
  output$global <- renderPrint({ {
    # Options globales
    getOption('golem.pkg.name')
  })
  output$shinycall <- renderPrint({ { {
    # Options locales
    getOption('shinycall')
  })

Diverses options de run_app

run_app <- fonction(
  avec = c("shinyApp", "runApp", "shinyAppDir")
) {
  with <- match.arg(with)
  # Ici, on définit les options locales pour pouvoir passer 
  # des arguments à la fonction run_app()
  options("shinycall" = avec)
  on.exit(
    options("shinycall" = NULL)
  )
  if (with == "shinyApp"){
    shiny::shinyApp(ui = app_ui(), server = app_server)
  else if (with == "runApp") {
    shiny::runApp(system.file("app", package = "aaaaa"))
  else {
    shiny::shinyAppDir(system.file("app", package = "aaaaa"))
  }

Dans nos résultats, runApp est:

run_app("runApp" )

shinyApp est :

run_app("shinyApp" )

shinyAppDir est

run_app("shinyAppDir" )

Contextes de lancement

Lancement local

# Définir les options ici
options("golem.pkg.name" = "aaa")

# Détachez tous les paquets chargés et nettoyez votre environnement
golem::detach_all_attached()
# rm(list=ls(all.names = TRUE)))

# Documentez et rechargez votre colis
golem::document_et_reload()

# Exécutez l'application
aaaaa::run_app(avec = "runApp")

La Dockerfile locale est

FROM rocker/tidyverse:3.6.0
RUN R -e 'install.packages("remotes")'
RUN R -e 'remotes::install_github("r-lib/remotes", ref = "97bbf81")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("shiny")'
COPY aaaa_*.tar.gz /app.tar.gz
RUN R -e 'remotes::install_local("/app.tar.gz")'
EXPOSE 80
CMD R -e "options('shiny.port'=1234,shiny.host='0.0.0.0', 'golem.pkg.name' = 'aaa');aaaa::run_app( 'runApp' )" # also with shinyApp & shinyAppDir

R -e "devtools::build(path = 'inst/dockerfilelocal/')" \
    && cd inst/dockerfilelocal/ \
    && docker build -t aaa . \
    && docker run --name aaaa -p 1234:1234 -d aaa \
    && sleep 2 \
    && open http://0.0.0.0:1234 

Produits RStudio 1/2 : le script app.R

pkgload::load_all()
options("golem.pkg.name" = "aaaa"))
run_app( "runApp" ) # aussi avec shinyApp & ; shinyAppDir

• un Shiny Server local (via Docker)
• Le RStudio Connect de ThinkR (envoyé avec rsconnect::deployApp())
• Le compte shinyapps de ThinkR (envoyé avec rsconnect::deployApp())

Produits RStudio 2/2 : Configurer un serveur Shiny pour tester

FROM rocker/shiny:3.6.0
RUN R -e 'install.packages("remotes")'
RUN R -e 'remotes::install_github("r-lib/remotes", ref = "97bbf81")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("shiny")'
RUN apt-get update && apt-get install libssl-dev libxml2-dev -y
RUN R -e 'remotes::install_cran("attachment")'
RUN R -e 'remotes::install_github("thinkr-open/golem")'
COPY . /srv/shiny-server/aaaa
RUN cd /srv/shiny-server/aaaa && R -e "attachment::install_from_description()"

mv inst/dockerfileshinyserver/Dockerfile Dockerfile \
    && docker build -t plop . \
    && docker run --name plop -p 3838:3838 -d plop \
    && sleep 2 \
    && open http://0.0.0.0:3838/aaaa

Résultats

• Les conteneurs Docker ne lisent pas d’options locales des fonctions à moins d’être appelés avec runApp(). Ce que vous pouvez vérifier en utilisant n’importe quel terminal : R -e "options('shiny.port'=1234,shiny.host='0.0.0.0','golem.pkg.name' ='aaaa');aaaa::run_app('runApp')"
• runApp() échoue sur les produits RStudio.
• Les services RStudio n’ont pas d’options locales avec aucune solution (nous verrons dans une minute que c’est parce que nous ne pouvons pas utiliser runApp()).

Où allons-nous à partir de là ?

> shiny::shinyApp
function (ui = NULL, server = NULL, onStart = NULL, options = list(), 
    uiPattern = "/", enableBookmarking = NULL) 
{
 
 [...]

    structure(list(httpHandler = httpHandler, serverFuncSource = serverFuncSource, 
        onStart = onStart, options = options, appOptions = appOptions), 
        class = "shiny.appobj")
}
<bytecode: 0x7fb1714fa6d0>
<environment: namespace:shiny>

> shiny:::print.shiny.appobj
function (x, ...) 
{
    opts <- x$options %OR% list()
    opts <- opts[names(opts) %in% c("port", "launch.browser", 
        "host", "quiet", "display.mode", "test.mode")]
    args <- c(list(quote(x)), opts)
    do.call("runApp", args)
}
<bytecode: 0x7fb16e2809f8>
<environment: namespace:shiny>

with_golem_options <- function(app, golem_opts){
   app$appOptions$golem_options <- golem_opts
   app
}

run_app <- function(...) {
    with_golem_options(
        app = shinyApp(ui = app_ui(), server = app_server), 
        golem_opts = list(...)
    )
}

library(shiny)

options("golem.app.name" = "aaa")

get_golem_options <- function(which = NULL){
    if (is.null(which)){
        getShinyOption("golem_options")
    } else {
        getShinyOption("golem_options")[[which]]
    }
}

with_golem_options <- function(app, golem_opts){
   app$appOptions$golem_options <- golem_opts
   app
}

app_ui <- function() {
    tagList(
        fluidPage(
            verbatimTextOutput("all"),
            verbatimTextOutput("opt"), 
            verbatimTextOutput("glob")
        )
    )
}


app_server <- function(input, output,session) {
    
    output$all <- renderPrint({ get_golem_options() })
    output$opt <- renderPrint({ get_golem_options("a") })
    output$glob <- renderPrint({ getOption("golem.app.name") })
}

run_app <- function(...) {
    with_golem_options(
        app = shinyApp(ui = app_ui, server = app_server), 
        golem_opts = list(...)
    )
}

run_app(a = "pouet", b = "bing")