La documentation c’est important ! Pensez à votre avenir et à celui des autres. Quel que soit le but de votre script et de vos analyses, pensez à la documentation. Dans ma tête, la structure du package R est faite pour ça. Je vais tenter de vous en convaincre. À use’R 2019 à Toulouse, j’ai fait une présentation intitulée : ‘La méthode “Rmd first” : quand les projets commencent avec la documentation’’. J’ai fini cette présentation en disant : Think package ! Si vous avez vraiment peur de construire un package, vous devriez peut-être jeter un oeil à cette présentation d’abord. Mais si vous n’avezLire la suite →

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Yeah ! Notre package {attachment} est maintenant disponible sur CRAN. {attachment} est là pour aider à gérer les dépendances pendant le développement de vos packages. Il fournit également des outils utiles pour installer ou lister les packages manquants utilisés dans des scripts R ou des Rmds. Gérer les dépendances pendant le développement de packages Si vous avez déjà eu l’erreur suivante au moment du check de votre package, {attachment} est fait pour vous ! R CMD check results 1 error | 0 warnings | 0 notes checking package dependencies … ERROR Namespace dependency not required: ‘collateral’ Avec cette erreur, Colin vous répondrait : En effet,Lire la suite →

Une Shiny App dans un Package Dans un article précédent, j’ai présenté{golem}, qui est un framework pour la création d’applications Shiny prêtes à partir en production. Ce cadre commence par la création d’un squelette de package en attente d’être rempli. Mais, dans un monde où les applications Shiny sont le plus souvent créées sous la forme d’une série de fichiers, pourquoi se soucier de créer un package ? C’est la question sur laquelle je vais me concentrer dans ce billet. Qu’y a-t-il dans une application Shiny ? OK, posons la question dans l’autre sens. Pensez à votre dernière Shiny qui a été créé sous laLire la suite →

Gérer les packages en production peut vite être un casse-tête : il faut jongler entre les versions, les packages internes, les mises à jour CRAN, Bioconductor, les sources GitHub…. Découvrons RStudio Package Manager, l’un des outils disponibles qui vous aide à gérer cela. What is love RSPM (Baby don’t hurt me, no more 🎶) RStudio Package Manager (ou RSPM en abrégé) est une solution conçue pour vous aider à gérer l’installation des packages dans votre organisation. Que vous ayez besoin de mettre à disposition de votre équipe l’ensemble du CRAN par le biais d’un proxy, d’une partie du CRAN, de packages GitHub, de packages internes,Lire la suite →

Vous prévoyez de mettre à niveau votre installation serveur d’Ubuntu 16.04 vers Ubuntu 18.04 LTS ? C’est aussi le meilleur moment pour migrer vers R 3.5 ! Par ailleurs, si vous trouvez toujours difficile d’installer des packages R pour les données géographiques sur Ubuntu, ce temps est révolu. Suivez le guide ! Nouvelle version Ubuntu et nouvelle version de R Si vous utilisez Ubuntu sur votre ordinateur portable ou sur vos serveurs dans votre entreprise, il y a de fortes chances que vous utilisiez une version Long Term Support (LTS). L’utilisation d’une version LTS est plus sûre pour les entreprises ayant des contraintes de stabilité.Lire la suite →

Dans cet article, je vais vous présenter l’approche que nous utilisons chez ThinkR pour les applications Shiny que nous sommes ammenés à concevoir. Il s’agit d’un cadre de travail relativement strict mais conçu pour nous simplifier la vie et garantir de livrer une application “prod ready” ( qu’elle soit lancée en local, sur shinyserver, Rconnect ou encore via ShinyProxy avec docker ). Ce cadre facilite la maintenance de l’application et le travail collaboratif. Une appli Shiny dans un package R Un modèle de librairie R pour une application Shiny Ce que je vous présente ici est une approche que nous avons pris le temps deLire la suite →